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Peñarol no pareció haber tenido el nivel que mostró en los campeonatos anteriores; en el Torneo Apertura finalizó tercero y en el Torneo Clausura en la cuarta posición, quedando a 9 y 4 puntos respectivamente del líder de ambos torneos, Nacional. El camino de Nacional hacia el Apertura de 2008 fue bastante dificultoso. La disputa entre ambos originó el remate sin querer del ’23’ hacia su red. El equipo tricolor debía de disputar de local en un lleno Gran Parque Central frente al modesto Villa Española por la segunda fecha, pero el árbitro Líber Prudente suspendió el partido porque Nacional había ingresado al campo de juego un minuto tarde; lo que provocó que hinchas del bolso se amontonaran para reclamar y esperar a los árbitros en los accesos hacia la tribuna José María Delgado. El tricolor venía de varios años sin tener nivel competitivo, que además incluían una racha adversa de seis partidos clásicos sin ganar, pero a pesar de que Hugo de León era debutante como técnico, Nacional realizó una campaña perfecta.
Este torneo es recordado por la final que ambos equipos protagonizaron, en el que el equipo franjeado -tras ser goleado por el equipo tricolor 4-1 en el primer partido- hizo valer la ventaja deportiva y se coronó campeón al ganar el segundo partido por 1-0 con un recordado gol de taco de Diego Perrone en el tercer minuto de descuento. De los equipos del interior, los que han tenido una actuación más destacada dentro del Campeonato Uruguayo son Rocha y Tacuarembó. Durante el desarrollo del Apertura se dio uno de los partidos más recordados del fútbol uruguayo en las últimas décadas, entre Peñarol y Danubio. Danubio llegó a la definición con ventaja deportiva, tras haber ganado el Torneo Clasificatorio y el Clausura, mientras que Nacional se quedó con el Apertura. Las tres primeras ediciones del campeonato fueron conseguidas por el Club Nacional de Football, luego de ganar los torneos Apertura 2000, Clausura 2001 (quedó cuarto en la tabla general del Clasificatorio) y Apertura 2002 (quedó segundo en la tabla general del Clasificatorio), luego de vencer a Peñarol en 2000 (campeón del Clausura 2000) y Danubio en 2001 y 2002 (campeón del Apertura 2001 y Clausura 2002, y anteriormente segundo y cuarto en el Clasificatorio, respectivamente).
Defensor Sporting se quedó con el Torneo Apertura cosechando 35 puntos, 4 puntos más que su clásico rival y campeón defensor del título, Danubio. Defensor Sporting logró su cuarto Campeonato Uruguayo en el campeonato 2007-08. El violeta demostró un gran nivel, con jugadores como Diego de Souza, Pablo Gaglianone, Martín Silva, Tabaré Viudez o Sebastián Fernández. Para el Torneo Clausura, casi la mitad de sus principales jugadores se fueron del club, y pese a no poder mostrar el mismo juego que en el Apertura, Danubio volvió a pelear el campeonato, estando en varias fechas como puntero y en la penúltima fecha asegurando la Tabla Anual. Se llegan a las primeras ediciones del Campeonato Uruguayo de Primera División en el siglo actual, y con ello la edición número 100.º de la Liga Uruguaya desde su creación en 1900. Desde este punto, se destacan los equipos de Defensor Sporting y Danubio que, junto con los grandes Nacional y Peñarol, son los cuatro equipos que han definido la mayoría de los campeonatos del siglo actual. En dicho partido, los aurinegros se impusieron a los albos por 3-1. En 1996 Peñarol vuelve a ganar el Torneo Apertura con 23 puntos, unos más que Defensor Sporting y dos más que Nacional.
El Torneo Apertura fue ganado por Nacional con 25 puntos, mientras que Peñarol quedó tercero con 21 unidades, y en el Clausura terminó primero Defensor Sporting con 24 puntos, camiseta futbol baratas escoltado por Peñarol con 23 unidades. En el campeonato 2008-09 ocurrió la final más larga de un Campeonato Uruguayo desde que se implementó el sistema de Torneos Apertura y Clausura, disputada entre Nacional (ganador del Apertura) y Defensor Sporting (ganador del Clausura). Peñarol obtuvo su primer Apertura tras caer en solo un partido, pero debió jugar el desempate por una quita de dos puntos por disturbios de su hinchada. Se destacan un partido frente a Nacional que perdió 3-6 habiendo estado 3-0, o el desempate del Torneo Clausura con Peñarol, ya que luego de igualar en la cima con 37 puntos tuvieron que enfrentarse para clasificar a las finales, partido que River Plate ganaba 3-2 al término del primer tiempo pero que terminó cayendo por 3-5. Ya en las definiciones del campeonato, Defensor Sporting venció a Peñarol. Pese a ello, los españoles consiguieron empatar 1-1, por lo que hubo de jugarse el desempate. Por otra parte, Tacuarembó logró permanecer 13 temporadas consecutivas en el Campeonato Uruguayo con un buen nivel futbolístico, desde su ingreso en 1999 hasta 2011. El equipo de Gardel tuvo su mejor temporada en 2004, año en el que se coronó campeón del Torneo Reclasificatorio y clasificó a la Liguilla Pre-Libertadores.